Hirschfeld elaborò la teoria di un terzo sesso "intermedio" tra uomo e donna.

Egli fu interessato allo studio di una grande varietà di stimoli sessuali ed erotici, in un periodo in cui la tassonomia delle identità sessuali era ancora ai primi stadi di classificazione.

Il suo lavoro scientifico estese quelli del precedente Karl Heinrich Ulrichs ed influenzò i successivi Havelock Ellis ed Edward Carpenter.

In gioventù Hirschfeld visse a Parigi e lavorò come giornalista: in tutta la sua successiva carriera egli trovò un giusto equilibrio tra medicina e letteratura.

Dopo alcuni anni passati a Magdeburgo come medico generico, nel 1896 Hirschfeld pubblicò un opuscolo anonimo dal titolo Saffo e Socrate, che trattava di amori omosessuali.

Nel 1897 Hirschfeld fondò il Wissenschaftlich-humanitäres Komitee (Comitato scientifico-umanitario) insieme ad Adolf Brand, Benedict Friedlaender ed altri appartenenti al gruppo che pubblicava Der Eigene, una pubblicazione omosessuale. Il gruppo si propose di effettuare ricerche per difendere i diritti degli omosessuali ed abrogare il paragrafo 175, una sezione del codice penale tedesco che criminalizzava l'omosessualità dal 1871.

Essi obiettavano che la legge incoraggiava ricatti nei confronti degli omosessuali, ed il motto Per scientiam ad justitiam ("Giustizia attraverso la scienza") rifletteva l'idea di Hirschfeld secondo cui una migliore conoscenza scientifica dell'omosessualità avrebbe eliminato l'ostilità della popolazione e delle istituzioni nei confronti dei gay.

Presto Hirschfeld, instancabile sostenitore dei diritti omossessuali, divenne una figura pubblica ben conosciuta.

All'interno del Comitato alcune donne e soprattutto Friedlaender si opposero però all'analogia utilizzata da Hirschfeld, che secondo la loro critica paragonava gli omosessuali a degli storpi.
Questo gruppo sosteneva che la società avrebbe potuto tollerare o avere pietà degli storpi, ma mai considerarli come eguali.
Inoltre erano in disaccordo sulla visioni di Hirschfeld e di Ulrich, che sostenevano che gli omosessuali maschi erano per natura effeminati.

Brand, Friedlander ed altri lasciarono il Comitato scientifico-umanitario e formarono un altro gruppo, il Gemeinschaft der Eigenen, che sosteneva che l'amore maschio-maschio era un semplice aspetto della virilità, piuttosto che una condizione speciale dell'uomo.

Nonostante questi dissapori il Comitato, guidato da Hirschfeld, riuscì a raccogliere oltre 5000 firme per abolire il paragrafo 175 tra i più importanti intellettuali residenti in Germania dell'epoca. Tra i firmatari, Albert Einstein, Hermann Hesse, Thomas Mann, Rainer Maria Rilke e Leo Tolstoy.

La petizione venne portata all'attenzione del Reichstag nel 1898, ma venne appoggiata solo da una minoranza del Partito socialdemocratico tedesco, stimolando il frustrato Hirschfeld a utilizzare una controversa strategia di "outing" - cioè obbligare alcuni eminenti legislatori segretamente omosessuali ad uscire allo scoperto e prendere una chiara posizione.

La petizione continuò ad essere discussa dal parlamento e cominciò a realizzare progressi negli anni '20, poco prima che la costante ascesa in Germania del partito nazionalsocialista bloccasse ogni speranza di riforma.

Nel 1921 Hirschfeld organizzò il Primo congresso per la riforma sessuale (a cui partecipò per l'Italia Aldo Mieli), che portò successivamente alla formazione di una Lega mondiale per la riforma sessuale.

I congressi di questa organizzazione si tennero a Copenaghen (1928), Londra (1929), Vienna (1930) e Brno (1932).

Hirschfeld venne sia citato che parodiato dalla stampa come un vociferante esperto di questioni sessuali, ricevendo l'ironico epiteto di "Einstein del sesso".

Egli vide se stesso come un propagandista e scienziato che investigava e catalogava molte differenti tipologie di sessualità, non solamente relative alla sfera omosessuale.
Hirschfeld coniò il termine travestitismo.

Anche se preferì mostrarsi come un ricercatore e scienziato obiettivo, Hirschfeld stesso era gay e in segreto un travestito e partecipava alle iniziative della subcultura gay nella Germania del periodo. Per le sue attività di travestitismo egli venne soprannominato Tante Magnesia (in italiano: "Zia Magnesia").

Nel 1919, nella nuova e più liberale atmosfera della Repubblica di Weimar, Hirschfeld fondò a Berlino, l' Institut für Sexualwissenschaft (Istituto per la ricerca sessuale).

L'istituto conteneva una immensa biblioteca sul tema del sesso e provvedeva a servizi educativi e consulti medici. Persone da tutta Europa visitarono l'Istituto per comprendere meglio la propria sessualità. Christopher Isherwood descrisse la sua visita con l'amico Wystan Hugh Auden nel libro Christopher e il suo mondo.

L'Istituto contenne inoltre un Museo del sesso, una risorsa educativa per il pubblico che sembra fosse visitato addirittura da diverse scolaresche.

Il lavoro dell'Istituto e di Hirschfeld sono esaminati nel documentario di Rosa von Praunheim, Der Einstein des sex (Germania, 2001).

I discorsi pubblici lo portarono ad essere attaccato da diversi gruppi gruppi omofobi, la maggior parte dei quali facenti parte dei movimenti nazionalisti e nazionalsocialisti.

Nel 1921, al termine di una conferenza tenuta a Monaco, venne fatto segno da un lancio di sassi che lo lasciò senza sensi per terra con una frattura al cranio; pochi giorni dopo un giornale ultranazionalista di Dresda scriveva:

«L'erba cattiva non muore mai. Il ben noto dottor Magnus Hirschfeld era stato colpito così duramente da farlo considerare ormai nella lista dei morti.

Apprendiamo ora che si sta rimettendo dalle ferite. Non esitiamo a sostenere che ci dispiace che questo vergognoso ed orribile avvelenatore del nostro popolo non abbia trovato la sua ben meritata fine». [3]

Hirschfeld venne nuovamente attaccato nel 1923 quando alcuni nazisti austriaci fecero irruzione a Vienna nella sala dove egli stava tenendo una conferenza cercando di ucciderlo a colpi di pistola.

Il lavoro di Hirschfeld continua ad essere controverso; alcuni critici lo accusano addirittura di avere ricavato parte dei suoi introiti finanziari da importanti omosessuali
tedeschi che egli ricattava. Non è però mai emersa alcuna prova che supporti tale accusa.

Benché molto famoso e stimato presso alcuni circoli, in altri Hirschfeld venne pesantemente criticato: essendo anche ebreo e socialista, ovviamente fu uno dei bersagli più graditi dalla destra e in particolare dal nascente partito nazista.

Altri critici puntano sul fatto che Hirschfeld credeva, semplificando, in un'omosessualità frutto di disequilibri ormonali aprendo così la strada a successivi scienziati alla ricerca di una "cura" per gli omosessuali.

Quando i nazisti presero il potere in Germania, una delle prime azioni che effettuarono, il 6 maggio 1933 fu distruggere l'Istituto e dare fuoco alla biblioteca che conteneva.

Molte delle immagini di repertorio che vengono mostrate oggi come esempio dei roghi nazisti di libri sono immagini dell'incendio della libreria dell'Istituto.

Per fortuna in quel momento Hirschfeld era impegnato in una serie di conferenze all'estero; non tornò mai in Germania e morì nel 1935 in esilio a Nizza il giorno del suo sessantasettesimo compleanno.

Inoltre gli scritti di Hirschfeld vennero colpiti da un bando di pubblicazione. Le linee guida naziste per il prestito bibliotecario del 1935 così definivano la motivazione:

«8. Scritti sulla sessualità e sull'educazione sessuale al servizio del piacere egocentrico dell'individuo che di conseguenza distruggono completamente i principi della razza e del Volk (Hirschfeld). [3]»

• Sappho und Sokrates, 1896.
• Magnus Hirschfeld, Was muß das Volk vom dritten Geschlecht wissen! / Quello che la gente deve sapere sul Terzo sesso! (1901). Pamphlet di divulgazione, in tedesco con traduzione italiana a fronte.
• Berlins Drittes Geschlecht, Rosa Winkel, Berlin 1991.
• Die Transvestiten, 1910.
• Naturgesetze der Liebe, 1912.
• Die Homosexualität des Mannes und des Weibes, 1914. Reprint: Gruyter, 2001.
• Sexualpathologie, 1917-1920 (3 voll.)
• Magnus Hirschfeld (a cura di), Geschlechtskunde. Band 1-5, Stuttgart 1926-1930. Ristampa: Fischer, Harald 2001.
• Geschlechtsanomalien und Perversionen, Aldor 1955. ISBN B0000BJGLX
• Von einst bis jetzt. Geschichte einer homosexuellen Bewegung - Autobiographie, Rosa Winkel, Berlin 1986.
• Magnus Hirschfeld (a cura di), Jahrbuch für sexuelle Zwischenstufen unter besonderer Berücksichtigung der Homosexualität 1. 1899 - 9. 1908 /13. 1913 /14. 1914 /19. 1919 - 23. 1923. Vierteljahresberichte ... während der Kriegszeit 15. 1915 - 18. 1918, Fischer, Harald 1996.
• Magnus Hirschfeld (a cura di), Zeitschrift für Sexualwissenschaft. Jahrgang 1908, Fischer, Harald 1997.

• AA.VV., Gay gay. Storia e coscienza omosessuale, La salamandra, Milano 1976.
• J. Edgar Bauer, "On the nameless love and infinite sexualities: John Henry Mackay, Magnus Hirschfeld and the origins of the sexual emancipation movement", "Journal of Homosexuality", L 2005, n. 1, pp. 1-26.
• Massimo Consoli, Homocaust. Il nazismo e la persecuzione degli omosessuali, Kaos, Milano 1991.
• Ralf Dose, Magnus Hirschfeld: Deutscher, Jude, Weltbürger, Hentrich und Hentrich, Teetz 2005.
• Mel Gordon, Voluptuous panic: the erotic world of Weimar Berlin (2003).
• Günter Grau (cur.), Hidden Holocaust? Gay and lesbian persecution in Germany 1933-45 (1995).
• Manfred Herzer, Magnus Hirschfeld. Leben und Werk eines jüdischen, schwulen und sozialistischen Sexologen, Bibliothek rosa Winkel, Berlin 2001.
• John Lauritsen, David Thorstad, Per una storia del movimento dei diritti omosessuali (1864-1935), Savelli, Roma 1979.
• James D. Steakley, The writings of Magnus Hirschfeld: a bibliography (1985).
• Charlotte Wolff, Magnus Hirschfeld: a portrait of a pioneer in sexology, Salem House, 1987.
• Seeck, Andreas (cur.): Durch Wissenschaft zur Gerechtigkeit? Textsammlung zur kritischen Rezeption des Schaffens von Magnus Hirschfeld. Lit Verlag, Münster 2003
• Kotowski, Elke-Vera und Julius H. Schoeps (curr.): Der Sexualreformer Magnus Hirschfeld. Ein Leben im Spannungsfeld von Wissenschaft, Politik und Gesellschaft. Bebra, Berlin 2004.

• Rosa von Praunheim, Der Einstein des Sex (Germania, 2001). (Su Magnus Hirschfeld - In tedesco, con sottotitoli in inglese).

• Magnus Hirschfeld. Biografia in italiano, dal sito "Olokaustos.org".
• Pierre Najac, L'istituto di scienze sessuali di Berlino. Articolo scritto nel 1931.
• Testo della petizione di Magnus Hirschfeld per l'abolizione del paragrafo 175.
• Magnus Hirschfeld Archive for sexology.
• Magnus-Hirschfeld-Gesellschaft.
• Hirschfeld Institute. Mostra virtuale.