Nato con il nome di Thomas Joseph Michael Flubacher, quando i suoi genitori si separarono andò a fare dei lavoretti in casa dei coniugi Waddell. Aveva 15 anni. Sei anni più tardi costoro lo adottarono e gli diedero il loro nome.

Nell'estate del 1959 (aveva 22 anni) lavorò in un campeggio di bambini del Massachusetts, dove incontrò il militante socialista 63enne Enge Menaker, con il quale strinse un rapporto che durò fino al 1985, quando il suo compagno aveva 90 anni!

Studiò medicina al New Jersey College, specializzandosi in malattie infettive. Svolse il servizio militare nel 1966. Nel 1968 arrivò sesto nel decathlon olimpionico a Città del Messico. Nel 1976 si dichiarò gay sul magazine American People.

Nel 1982, a San Francisco, Waddell fu tra i fondatori dei "Giochi olimpici gay" (28 agosto-5 settembre), trovandosi per questo invischiato in una polemica con il Comitato olimpico degli Stati Uniti per l'uso di quella parolina: "olimpici". La causa si trascinò per anni per i tribunali fino a quando, nel 1987, la Corte Suprema decretò che lo United States Olympic Committee aveva la proprietà dell'uso del sostantivo e dell'aggettivo "olimpico" (sia maschile che femminile e singolare o plurale...). Di conseguenza, mentre era permessa l'esistenza di "olimpiadi per handicappati" o per qualsiasi altra categoria e comunità umana (se ne contarono fino a un centinaio), il Comitato vietava categoricamente che potessero esistere olimpiadi "gay".

Intanto, Tom Waddell si era ipotecato la casa per pagare le spese legali&!

Quattro settimane prima della seconda edizione dei Gay games (questo il nuovo nome dei Giochi gay... ex-olimpici) del 1986, che come i primi si svolsero a San Francisco, gli venne diagnosticata un'infezione di polmonite Pneumocisti Carinii. Nonostante tutto gareggiò e vinse la medaglia d'oro nel lancio del giavellotto!

Le altre edizioni dei giochi si tennero, nel 1990 in Canada, nel 1994 a New York (con una presenza di 10.000 partecipanti), nel 1998 ad Amsterdam, nel 2002 a Sydney, in Australlia.

Waddel è morto di Aids all'età di 49 anni, nella città adottiva di San Francisco, assistito dalla moglie Sara Lewinstein e dalla figlia Jessica. Le sue ultime parole furono: "Questo dovrebbe essere interessante!"

Waddell era stato anche specialista in malattie infettive e primario del "San Francisco's Central Emergency Hospital", oltre che dirigente dell'"American civil liberties union", la potente organizzazione americana per i diritti civili.