Nel 1864 pubblica tre libri, Vindex, Inclusa e Vindicta in preparazione di un'opera più complessa che ha intenzione di intitolare Ricerche sull''Enigma dell'Amore tra Uomini ovvero La Razza degli Uraniani Ermafroditi.
Su Vindex, ispirandosi al discorso di Pausania nel Banchetto di Platone, divide gli esseri umani in «Uomini», «Donne», «Urninghi» (omosessuali maschi), «Dionindi» (eterosessuali maschi), oltre a «Urninghe» (lesbiche), «Dioninde» (eterosessuali femmine), «Mannlinge», «Weiblinge» (omosessuali virili e femminili)... e così avanti quasi all'infinito, spiegando più tardi che l'Urningo (sarà questo il termine che sopravviverà tra tutti quegli improbabili neologismi), è colui che ha un'anima femminile imprigionata in un corpo maschile («Anima muliebris virili corpore inclusa»: il titolo del secondo libro).
Sempre su Inclusa, per definire collettivamente le persone che si sentono attratte verso il proprio sesso, utilizza un'espressione apparentemente nuova e destinata a grande e infelice successo: Terzo Sesso. Le sue idee, esposte compiutamente in dodici volumi, oggi fanno un po' sorridere, ma nell'Ottocento hanno un effetto dirompente e servono da stimolo a numerosi altri ricercatori.
Si occupa attivamente anche di politica e, nel 1866, finisce due volte in carcere per la sua opposizione alla Prussia che sta unificando i vari stati e statarelli tedeschi sotto la corona degli Hohenzollern.
Nel 1867, un anno dopo che l'esercito di Bismark è entrato nel suo paese natale, Berlino vi impone il Paragrafo anti-gay 175, e Ulrichs fa una cosa straordinaria: il 29 agosto, come magistrato di Hildesheim partecipa ad un congresso di fronte a cinquecento giuristi e avvocati presso il teatro Odeon di Monaco, e difende apertamente l'eguaglianza legale degli omosessuali contro la legge liberticida, dopodiche' sarà costretto a trasferirsi a Stoccarda. Nel 1880, dopo che il Paragrafo 175 è diventato legge in tutta la Germania ormai unificata, Ulrichs va in esilio in Italia.
Vive dodici anni all'Aquila, pubblicando un giornale in latino, Alaudae, con abbonati prestigiosi in tutto il mondo, e diventando amico del Marchese Niccolò Persichetti di Santa Mustiola, che lo prende sotto la sua protezione, fin quando Ulrichs muore di nefrite, il 14 luglio del 1895.